兽用B超超声检查在诊断犬只肠套叠方面有很高的特异性，但扫差方法很重要，先使用凸阵兽用B超探头进行大范围扫差，之后再使用线阵探头局部详细观察。肠套叠兽用B超超声声像图的类型取决于定位平面、套叠部长度、套叠时间。套入部常肿胀，表现为低回声的边缘。肠套叠剖面图一般会是肠管前端常有积液，发病初期蠕动亢进，后期无肠蠕动。推荐使用高频率的凸阵或线阵探头进行实时扫查，因为高频率探头成像质量清晰

由于胃肠道内气体的集聚和内容物的因素，用于诊断胃肠疾病效果较差。但当出现较大占位性病变时，兽用B超超声有重要诊断价值。只要排除干扰方法得当，在肠套叠的诊断中可以起到独特的作用。腹部超声检查时，动物应禁食l2-24小时。但禁食不要超过24小时，超过24小时后肠内会产生过多的气体，影响兽用B超图像质量。此时可给予能减少气体的药物。
检查前允许动物自由饮水，皮肤弹性轻微降低将大大降低图像质量。钡餐造影X线检查应在兽用B超超声检查后进行，因为肠道内的钡剂干扰超声成像。结肠及部分直肠的兽用B超超声检查需要温生理盐水灌肠后方可检查。